井岡山為地球上同緯度豐富的生物區分地之一。植物、動物區系復雜，區系成分繁多，生物資源特別豐富。距今約6000萬年前遺留下來的，比較古老而又完整的新生代第三紀型森林生態系統，已查明有高等植物280科800余屬3400余種。列入《世界自然保護聯盟物種紅色名錄》的植物有10種，列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄II的有38種，列入《中國物種紅色名錄》的有67種，列入《中國國家重點保護野生植物名錄》的有23種。在中國特有種子植物460種中，井岡山特有種子植物20種，還有列入省級保護的78種。

動物種類也非常豐富，已查明脊椎動物有307種，其中哺乳類42種，鳥類162種，爬行類41種，兩棲類29種，魚類35種。昆蟲類種類達21000種，區內分布有多種珍稀瀕危動物，列入《世界自然保護聯盟物種紅色名錄》有13種，列入《瀕危野生動物種國際貿易公約》附錄的有17種，列入《中國物種紅色名錄》的有37種，在列入《中國國家重點保護野生動物名錄》的有38種中，井岡山有特有動物25種。代表動物有黃腹角雉、猴面鷹、藏酋猴、水鹿、穿山甲、烏梢蛇、百花蜥、水鯢（娃娃魚）、虎紋蛙、棘胸蛙等等。